Quand le professeur Marchand, un célèbre scientifique, disparaît mystérieusement, le commissaire Juve soupçonne tout de suite Fantomas. Entre temps le journaliste Fandor se déguise en Léfèvre, assistant de Marchand, et il est enlevé par Fantomas. Mais également le commissaire Juve tombe dans le piège pendant que Fantomas, lui aussi, se déguise en Léfevre et ils se retrouvent tous à Rome à un congrès scientifique. Fantomas aura le dessus et les intéressés se retrouveront dans son antre, prisonniers et, semble-t-il, sans aucune possibilité d'échapper à leur destin, accompagnés par la musique d'un orgue joué par Fantomas.